Le origini della Confraternita dei SS. Misteri sono legate
alla presenza dei Gesuiti nella Chiesa di Gesù e Maria (Santa Caterina).
Da quella chiesa il Martedì Santo usciva la Processione dei Misteri, sino a che, alla fine dell’ottocento, le continue liti con il parroco costrinsero i congregati a sospendere le attività.
Dal 1901 la Processione è ripresa con partenza dalla Chiesa delle Monache Cappuccine e con nuovi simulacri, e la Confraternita è stata qui ricostituita nel 1932.